El Comité de dirección está formado por la presidenta de la Fundación, un administrador financiero, un abogado, un arqueólogo francés y un consejero, francés o mexicano, este último con residencia en México y entendido en el ámbito de la cooperación franco-mexicana.
Este Comité es quien toma las decisiones, teniendo en cuenta la opinión del Consejo científico.
El Consejo científico está formado por seis miembros arqueólogos, franceses y mexicanos. Con fines evaluativos, cada consejero recibe copia de uno o varios expedientes de solicitud de ayuda recibidos por la Fundación. La evaluación toma en cuenta ante todo el interés científico y la viabilidad de cada expediente. Una reunión ordinaria del Consejo científico tiene lugar al final del año (año calendario), para discutir sobre los diferentes expedientes y clasificarlos. Esta clasificación es transmitida al Comité de dirección, quien designa entonces a los laureados en función de las posibilidades financieras anuales de la Fundación y buscando, siempre, apoyar y promover la investigación arqueológica.