Le Comité de direction comprend la présidente de la Fondation, un gestionnaire financier, un avocat, un archéologue français et un conseiller, français ou mexicain, vivant au Mexique et connaissant le domaine de la coopération franco-mexicaine.

C’est ce Comité qui prend les décisions sur avis du Conseil scientifique.
Le Conseil scientifique est formé de six membres archéologues, mexicains et français. Chaque conseiller reçoit, à des fins d’évaluation, copie d’un ou de plusieurs des dossiers de demande d’aide reçus par la Fondation. L’évaluation tient compte spécialement de l’intérêt scientifique et de la faisabilité de chaque dossier. Une réunion ordinaire du Conseil scientifique a lieu en fin d’année civile pour discuter des différents dossiers et les classer. Ce classement est transmis au Comité de direction, qui choisit alors les lauréats en fonction des possibilités financières annuelles de la Fondation et de manière, toujours, à appuyer et promouvoir la recherche archéologique au Mexique.